Единственное противопоказание, которое распространяется абсолютно на все эфирные масла — индивидуальная непереносимость. Она может проявляться следующим образом:
·         одышка, удушье, затрудненное дыхание
·         учащение пульса, аритмия;
·         головная боль, головокружение, шум в ушах;
·         аллергическая сыпь, покраснение, зуд кожи.

Несмотря на то, что во многих публицистических книгах об эфирных маслах и ароматерапии рекомендуется использование эфирных масел беременными, делать этого не стоит.
Многие эфирные масла могут вызвать прерывание беременности или отрицательно повлиять на плод.

1. Беременность является противопоказанием к  самостоятельному использованию эфирных масел. Особенно опасны в этом случае эфирные масла из таких растений, как - иссоп, кипарис, кориандр, корица, лаванда, майоран, мелисса, можжевельник, мята, петрушка (семена), полынь горькая, полынь обыкновенная, ромашка, рута душистая, тимьян, туя, фенхель, шалфей.

2.  Многие эфирные масла оказывают влияние на гормональную систему, что при использовании под контролем врача позволяет  решить немало проблем со здоровьем. Но самостоятельное применение, особенно для детей, не рекомендуется. Лечебные и профилактические мероприятия для детей может назначать только врач.
До полового созреванияне рекомендуется самостоятельное применение эфирных масел из таких растений, как –  анис, герань, душица; жасмин, иланг-иланг (кананга одората), иссоп, кардамон, кипарис, корица, мелисса, можжевельник, мята, нероли, роза, сандал, тимьян, шалфей лекарственный, а также из смолы ладана и мирры.

3. Лицам, страдающим сердечно-сосудистыми заболеваниями, следует проконсультироваться у врача по поводу применения эфирных масел.
Лицам, перенесшим инфаркт миокарда и страдающим стенокардией, нельзя использовать эфирные масла  сосны и пихты.
При тяжелой гипертонической болезни (повышение артериального давления) не рекомендуется самостоятельно применять эфирные масла базилика, можжевельника, мяты.
Лицам с пониженным артериальным давлением не рекомендуются эфирные масла  иланг-иланга (кананговое), лимона, мелиссы, чайного дерева.
Тяжелые заболевания почек— нефроз, нефрозонефрит,   осложненный   пиелонефрит являются   противопоказаниями для   использования эфирных масел  можжевельника, тимьяна, сосны.
При эпилепсиии судорожной настороженности нельзя использовать эфирные масла  базилика, розмарина, тимьяна, шалфея лекарственного.
При приеме препаратов йода и железа не следуетприменять эфирное масло лаванды.

4. Эфирные масла, содержащие кумарины и фурокумарины, повышают чувствительность кожи к солнечным лучам и ионизирующему излучению, что может вызвать ожоги, фотодерматиты и фототоксические реакции, поэтому эфирные масла  апельсина, бархатцев, бергамота, грейпфрута, дягиля, зверобоя, лаванды, лайма (лиметта), лимона, мандарина нельзя наносить на кожу за три часа до выхода на солнце.
Нельзя самостоятельно, без консультации с врачом использоватьэфирные масла сильного действия: анисовое, листьев бэй, гвоздичное из листьев, иланг-иланговое, имбирное, иссоповое, камфорное, кардамоновое, кедровое, коричное из коры, лаванды ковшиковой, лемонграссовое, перечное, пижмовое, пиментовое, полынное, рутовое, тимьяновое, тминное, туевое, тысячелистниковое, фенхелевое, чаберовое, чайного дерева, шалфейное (лекарственного), эвкалиптовое. Эти предостережения связаны с наличием в перечисленных эфирных маслах высокого содержания кетонов или фенолов. Бесконтрольное применение этих эфирных масел в неправильных дозировках может вызвать побочные реакции:
— нейротоксичность (негативное влияние на функции нервной системы),
— эмбриотропный эффект (опасны во время беременности),
— гепатотропный эффект (нарушение функции печени).

5.   Все эфирные масла перед применением на кожу или для ингаляции должны быть протестированы ны индивидуальную чувствительность. Особенно рекомендуется провести накожный тест эфирных масел из листьев гвоздики, душицы, коры и листьев коричного дерева, цитронеллы, чабера, чабреца (тимьяна), поскольку они могут вызвать раздражение.